एनआईपीईआर सक्रिय रूप से विभिन्न विभागों में अनुसंधान कर रहा है

• जैव प्रौद्योगिकी विभाग
• प्राकृतिक उत्पाद विभाग
• फार्मास्यूटिक्स विभाग
• औषधीय रसायन विज्ञान विभाग
• फार्मेकोलॉजी और टोक्सीकोलॉजी विभाग
• औषध विश्लेषण विभाग
• चिकित्सा उपकरण विभाग